Organami Inspekcji są Główny Inspektor Transportu Drogowego, zwany dalej „Głównym Inspektorem” oraz Wojewoda działający za pośrednictwem Wojewódzkiego Inspektora Transportu Drogowego, jako kierownika wojewódzkiej inspekcji transportu drogowego wchodzącej w skład wojewódzkiej administracji zespolonej.W sprawach związanych z wykonywaniem zadań i kompetencji Inspekcji organem właściwym jest wojewódzki inspektor, a organem wyższego stopnia, w rozumieniu Kodeksu postępowania administracyjnego, Główny Inspektor. Wojewódzki inspektor kieruje wojewódzką inspekcją przy pomocy wojewódzkiego inspektoratu transportu drogowego. Organizację Wojewódzkiego Inspektoratu Transportu Drogowego w Krakowie określa Regulamin organizacyjny zatwierdzony przez Wojewodę Małopolskiego w dniu 31 grudnia 2018 r.